尖锐湿疣的直接病因是人乳头瘤病毒感染，人乳头瘤病毒有多种亚型，其中HPV-6、11、16、18型与尖锐湿疣的发病密切相关，同时和所有感染疾病一样，尖锐湿疣的传播也有感染源、传播途径、易感人群这三个关键性因素。
尖锐湿疣的感染源主要是尖锐湿疣患者，患者发病部位的疣体表面含有很多的病毒包涵体，其感染较强。同时，由于感染HPV至出现肉眼可见的皮损有长达1-8月不等的潜伏期，此类亚临床感染和潜伏感染者，由于无自觉症状，隐匿性较强，是不可忽视的重要感染源。
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传播途径方面，由于HPV病毒易侵袭男女外生殖qi及肛周的皮肤粘膜湿润区域，所以性接触是尖锐湿疣的主要传播途径。同时，除直接接触外，一些间接接触也能够导致病毒传播，此类情况主要见于和患者有长期共同生活史，并有共用寝具、洗浴用品等生活用品者。此外，患上尖锐湿疣的孕妇可因产道分娩导致新生儿HPV感染。
易感人群方面，尖锐湿疣以性活跃的中青年为高发人群，但近年来，有呈现出老龄化和低龄化两级发展的趋势。同时有各种慢性系统性疾病、长期使用免疫抑制药物、长期酗酒等导致免疫功能低下诱因的人群更易感染和发病。
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